Πολλαπλά αντισυνταγματική και αντίθετη με την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) έκρινε η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας την από 7.9.2016 απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία επήλθε ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών στις τάξεις Γ΄έως ΣΤ' δημοτικού και του γυμνάσιου.
Ειδικότερα, στο ΣτΕ είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.ά. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας με το σκεπτικό ότι αυτή πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα του μαθήματος των Θρησκευτικών κάτι που είναι αντισυνταγματικό και αντίθετο στις διεθνείς συμβάσεις και την ευρωπαϊκή και ελληνική νομοθεσία.
Αναλυτικότερα, η Ολομέλεια του ΣτΕ σε έκτακτη συνεδρίασή της δημοσίευσε την υπ΄αριθμ. 660/2018 απόφασή της, με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Ευθύμιο Αντωνόπουλο. Με την απόφαση αυτή ακύρωσε την υπουργική απόφαση. Διευκρινίζεται, ότι η ακύρωση του ΣτΕ αφορά μεν το σύνολο της εν λόγω υπουργικής απόφασης, αλλά δεν αναφέρεται στη διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών στο λύκειο, καθώς για το θέμα αυτό εκκρεμεί άλλη αίτηση ακύρωσης.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε ότι η προσβαλλόμενη απόφαση είναι αντίθεση:
1) στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης, γιατί με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το δημοτικό και το γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού,
2) Στη διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης, καθώς η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση κλονίζει την ορθόδοξη χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, η εισαγόμενη με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση και
3) Προσβάλλει ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού Δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς τον εν λόγω μάθημα.
Ακόμη, οι σύμβουλοι Επικρατείας επισημαίνουν ότι προβλεπόμενη διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών κατά την προσβαλλόμενη απόφαση δεν είναι ικανή να αναπτύξει, εμπεδώσει και να ενισχύσει όπως επιβάλλεται από τη διάταξη του άρθρου 16 του Συντάγματος την ορθόδοξη χριστιανική συνείδηση των μαθητών, γιατί η διάταξη αυτή:
α) είναι ελλιπής κατά περιεχόμενο, β) δεν είναι αυτοτελής, αμιγής και διακριτική σε σχέση με τη διδασκαλία στοιχείων αναφερομένων σε άλλα δόγματα ή θρησκείες με αποτέλεσμα να προκαλείται σύγχυση στους μαθητές ως προς το περιεχόμενο της ορθόδοξης χριστιανικής διδασκαλίας και γ) δεν είναι επαρκή από την άποψη του χρόνου που διατίθεται για το μάθημα των Θρησκευτικών.
Παράλληλα, σύμφωνα με τους συμβούλους Επικρατείας, το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της ορθόδοξης χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και στην Γ΄τάξη του δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.