Το «ναυάγιο» στις διαπραγματεύσεις για το Κυπριακό, έφερε στην επιφάνεια μια κόντρα ανάμεσα στον υπουργό Εξωτερικών Νίκο Κοτζιά και την ηγεσία της Κυπριακής Δημοκρατίας. Τουλάχιστον αυτό ισχυρίζονται κυπριακά ΜΜΕ, που αναφέρουν ότι ο Νίκος Αναστασιάδης και οι συνεργάτες του θεωρούν ότι ο κ.Κοτζιάς , με τη στάση του, ουσιαστικά «ψαλίδισε» τις ελπίδες για συμφωνία.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα πάντα με τα κυπριακά ΜΜΕ, που επικαλούνται διπλωματικές «πηγές» από τη Λευκωσία, ο Ελληνας υπουργός έθεσε βέτο για το θέμα των εγγυήσεων και της αποχώρησης των τουρκικών στρατευμάτων, επηρεάζοντας και τον πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα. Μάλιστα φέρεται να απείλησε με παραίτηση, συνομιλώντας με το Νίκο Αναστασιάδη, αν τελικώς δεν γίνονται αποδεκτές οι απόψεις του, ενώ σύμφωνα με τους Κυπρίους επηρέασε τον Αλέξη Τσίπρα, ο οποίος άλλαξε στάση στο θέμα των εγγυήσεων.
Ο Νίκος Κοτζιάς διέψευσε κατηγορηματικά τα περί παραιτήσεώς του, λέγοντας ότι αυτόν που τον απασχολεί είναι το συμφέρον της Κύπρου. «Εμείς δουλεύουμε σταθερά για την ενότητα της Κύπρου, για τα δικαιώματα όλων των Κυπρίων. Το Κυπριακό πρόβλημα πρέπει να λυθεί όχι για να εξυπηρετηθούν τα γεωπολιτικά και γεωστρατηγικά συμφέροντα τρίτων, αλλά για να εξυπηρετηθεί μόνο ο κυπριακός λαός, η ειρήνη και η σταθερότητα στην περιοχή. Μου λένε όμως ότι το να παλεύεις για την κατάργηση των εγγυήσεων, για να φύγουν τα κατοχικά στρατεύματα της Τουρκίας από την Κύπρο είναι εθνικισμός, ενώ είναι σύγχρονος ευρωπαϊσμός να κατέχει η Τουρκία ευρωπαϊκά εδάφη! Συχνά αυτοί που κατηγορούν για εθνικισμό την πατριωτική Αριστερά είναι φορείς του εθνικισμού της άλλης πλευράς».