Σε σύγκρουση με το Ταμείο Χρηματοπιστωτικής Σταθερότητας έρχεται το διοικητικό συμβούλιο της Εθνικής Τράπεζας, που εξέλεξε νέο πρόεδρο τον πρώην υποδιοικητή της Τράπεζας της Ελλάδος, Παναγιώτη Θωμόπουλο, παρότι το ΤΧΣ είχε εισηγηθεί να τοποθετηθεί ο Δημήτρης Τσιτσιράγκος, προερχόμενος από την IFC, θυγατρική της Παγκόσμιας Τράπεζας.
Σύμφωνα με πληροφορίες, η εκλογή Θωμόπουλου αποφασίσθηκε με συντριπτική πλειοψηφία (10-2) από το δ.σ. της Εθνικής και το ΤΧΣ, ως βασικός μέτοχος, έχει πλέον δύο δυνατότητες: να αποδεχθεί την απόφαση, ή να ζητήσει τη σύγκληση έκτακτης γενικής συνέλευσης των μετόχων για να την προσβάλει, κάτι που πάντως δεν φαίνεται πιθανό, καθώς θα δημιουργούσε μεγάλες εντάσεις σε μια δύσκολη περίοδο για το τραπεζικό σύστημα.
Ο Παναγιώτης Θωμόπουλος έχει διατελέσει υποδιοικητής της Τράπεζας της Ελλάδος (1994-2009), αναπληρωτής διοικητής του ΔΝΤ για την Ελλάδα (2002-2008), μέλος της οικονομικής και νομισματικής επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης (2002-2008), ενώ είναι μέλος του Συμβουλίου Νομισματικής Πολιτικής της Τράπεζας της Ελλάδος από τον Απρίλιο του 2009.
Από τον Φεβρουάριο του 1996 είναι πρόεδρος του Δ.Σ. της "Διατραπεζικά Συστήματα Α.Ε. " (ΔΙΑΣ). Από τον Αύγουστο του 1998 είναι μέλος του Δ.Σ. του Οργανισμού Διαχείρισης Δημόσιου Χρέους (Ο.Δ.ΔΗ.Χ.). Από το 1995 είναι μέλος του Ιδρύματος Οικονομικών & Βιομηχανικών Ερευνών (ΙΟΒΕ). Υπήρξε πρόεδρος της Επιτροπής για τη μελέτη και την υποβολή προτάσεων για την αναμόρφωση και τον εκσυγχρονισμό του θεσμικού πλαισίου για επενδύσεις και την αξιοποίηση των κεφαλαίων και εν γένει της περιουσίας των Ασφαλιστικών Οργανισμών (Αύγουστος 2006-Μάρτιος 2007). Είναι μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Ειδικού Ταμείου Αντιμετώπισης Εκτάκτων Αναγκών (2007).
Διετέλεσε πρόεδρος της Οργανωτικής Επιτροπής Ολυμπιακών Αγώνων "Αθήνα 2004 Α.Ε." (Ιούλιος 1999-Μάιος 2000). Υπήρξε μέλος του Δ.Σ. του Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών (AIA), (1995-2000). Διετέλεσε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Κοινωφελούς Ιδρύματος "Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης" (1992-1995). Επίσης υπήρξε μέλος (1995-1998) και σύμβουλος (1998-2004) του Συμβουλίου Οικονομικών Εμπειρογνωμόνων (ΣΟΕ) του ΥΠΕΘΟ. Έχει συγγράψει βιβλία και άρθρα οικονομικού περιεχομένου.
