Το Ισλαμικό Κράτος του Ιράκ και της αλ-Σαμ (ISIS), που αυτοαποκαλείται επίσης ως Ισλαμικό Κράτος, έχει αντικαταστήσει την αλ Κάιντα ως την τζιχαντιστική απειλή που φέρνει τη μεγαλύτερη ανησυχία. Η ιδεολογία, η ρητορική και οι μακροπρόθεσμοι στόχοι του ISIS, είναι παρόμοια με της αλ Κάιντα και οι δύο ομάδες ήταν κάποτε επισήμως σύμμαχες.
Αλλά το ISIS δεν είναι η αλ Κάιντα. Δεν είναι μια απόφυση ή ένα κομμάτι της παλαιότερης ριζοσπαστικής οργάνωσης Ισλαμιστών ούτε αντιπροσωπεύει την επόμενη φάση στην εξέλιξή της. Παρά το γεγονός ότι η αλ Κάιντα παραμένει επικίνδυνη -ιδιαίτερα οι συνεργάτες της στην Βόρεια Αφρική και την Υεμένη- το ISIS είναι ο διάδοχός της. Το ISIS αντιπροσωπεύει την μετα-αλ Κάιντα τζιχαντιστική απειλή.
Οι διαφορές μεταξύ της αλ Κάιντα και του ISIS πηγάζουν εν μέρει από την ιστορία τους. Η αλ Κάιντα δημιουργήθηκε στον απόηχο της σοβιετικής εισβολής στο Αφγανιστάν το 1979. Οι κοσμοθεωρίες και η στρατηγική σκέψη των ηγετών της, διαμορφώθηκαν από τον δεκαετή πόλεμο ενάντια στην σοβιετική κατοχή, όταν χιλιάδες Μουσουλμάνων μαχητών, συμπεριλαμβανομένου του Οσάμα Μπιν Λάντεν, συνέκλιναν στη χώρα. Καθώς η οργάνωση συγκροτείτο, πήρε τη μορφή ενός παγκόσμιου δικτύου, επικεντρωμένου στην εκτέλεση θεαματικών επιθέσεων εναντίον Δυτικών ή συμμαχικών της Δύσης στόχων, με στόχο να συσπειρώσει τους Μουσουλμάνους ώστε να ενταχθούν σε μία παγκόσμια σύγκρουση με τις κοσμικές δυνάμεις, εγγύς και μακριά.
Το ISIS δημιουργήθηκε χάρη στην αμερικανική εισβολή στο Ιράκ το 2003. Στην πρώτη ενσάρκωσή του, ήταν μόνο μία από τις πολλές σουνιτικές εξτρεμιστικές ομάδες που μάχονταν τις δυνάμεις των ΗΠΑ και επιτίθεντο εναντίον Σιιτών αμάχων, σε μία προσπάθεια να υποδαυλίσουν ένα σεχταριστικό εμφύλιο πόλεμο. Εκείνη την εποχή, ονομαζόταν αλ Κάιντα στο Ιράκ (AQI) και ο ηγέτη της, ο Αμπού Μουσάμπ αλ Ζαρκάουι, είχε υποσχεθεί υποταγή στον Μπιν Λάντεν. Ο Ζαρκάουι σκοτώθηκε από αμερικανική αεροπορική επιδρομή το 2006 και αμέσως μετά, η AQI σχεδόν εξαλείφθηκε, όταν σουνιτικές φυλές αποφάσισαν να συνεργαστούν με τους Αμερικανούς για να αντιμετωπίσουν τους τζιχαντιστές. Αλλά η ήττα ήταν προσωρινή˙ η AQI ανανεώθηκε μέσα στις φυλακές που λειτουργούσαν οι Αμερικανοί στο Ιράκ, όπου αντάρτες και τρομοκράτες συνδέθηκαν και σχημάτισαν δίκτυα -και όπου ο σημερινός επικεφαλής της ομάδας και αυτοαποκαλούμενος χαλίφης, ο Αμπού Μπακρ αλ-Μπαγκντάντι, ξεχώρισε ως ηγέτης για πρώτη φορά.
Καθώς το ISIS αναπτύχθηκε, οι στόχοι και οι προθέσεις του έχουν γίνει σαφέστερα. Η αλ Κάιντα εξέλαβε τον εαυτό της ως την εμπροσθοφυλακή μίας παγκόσμιας εξέγερσης, κινητοποιώντας μουσουλμανικές κοινότητες ενάντια στην κοσμική εξουσία. Το ISIS αντίθετα, επιδιώκει να ελέγξει εδάφη και να δημιουργήσει ένα «καθαρό» σουνιτικό ισλαμιστικό κράτος που να διέπεται από μία βάναυση ερμηνεία της σαρία˙ να εξαλείψει αμέσως τα πολιτικά σύνορα της Μέσης Ανατολής που δημιουργήθηκαν από τις Δυτικές δυνάμεις στον 20ο αιώνα˙ και να εδραιώσει τη θέση του, ως τη μοναδική πολιτική, θρησκευτική και στρατιωτική εξουσία πάνω σε όλους τους Μουσουλμάνους του κόσμου.