Την παραίτησή του από τη θέση του Γενικού Γραμματέα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων υπέβαλε ο Κωστής Παπαϊωάννου κλείνοντας έναν κύκλο 20 μηνών στο συγκεκριμένο πόστο.
Ο κ. Παπαϊωάννου αποχωρώντας από το Υπουργείο Δικαιοσύνης έκανε έναν μικρό απολογισμό του έργου του στο πλαίσιο του τονίζοντας σε γραπτή του δήλωση: «Αναλάβαμε νομοθετικές πρωτοβουλίες και δράσεις για τα ανθρώπινα δικαιώματα και την εξάλειψη των διακρίσεων: νομοθετήσαμε την επέκταση του συμφώνου συμβίωσης σε όλα τα ζευγάρια, ενισχύσαμε την αντιρατσιστική νομοθεσία, αναλάβαμε πρωτοβουλίες για την καταπολέμηση των εγκλημάτων μίσους και του ρατσισμού.
Η θέσπιση ανεξάρτητου μηχανισμού διερεύνησης περιστατικών αυθαιρεσίας στα σώματα ασφαλείας και τους υπαλλήλους των φυλακών και η επέκταση της αρχής της ίσης μεταχείρισης βρίσκονται στη Βουλή για ψήφιση. Δουλέψαμε για μια Δικαιοσύνη φιλική προς τα παιδιά.
Το νομοσχέδιο για την αναγνώριση ταυτότητας φύλου είναι σχεδόν έτοιμο για δημόσια διαβούλευση». Και καταλήγει λέγοντας : «Κλείνω αυτόν τον κύκλο με τη βεβαιότητα πως στη σημερινή συγκυρία κάθε θεσμική υποχώρηση κοστίζει πολύ ακριβά, είτε αφορά στις σχέσεις κράτους και Εκκλησίας είτε στα θεμελιώδη δικαιώματα των προσφύγων. Όμως η προσπάθεια για τη διασφάλιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων είναι διαρκής. Στην προσπάθεια αυτή θα είμαι παρών»