Kατά του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας από την αποστολή του οποίου αφαιρέθηκε η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης», δηλαδή η θρησκευτική αγωγή των νέων, προσέφυγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας η Εκκλησία της Ελλάδος, ενώ παράλληλα περιόρισε το δικαίωμα αυτοδιοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος, όπως υποστηρίζει η τελευταία.
Αναλυτικότερα, η Εκκλησία της Ελλάδος ζητεί να κριθούν αντισυνταγματικές ορισμένες διατάξεις του Προεδρικού Διατάγματος 18/2018 που αφορά το νέο Οργανισμό του υπουργείου Παιδείας, ο οποίος καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους, τις αρμοδιότητες και την οργάνωση γενικότερα του υπουργείου.
Ο νέος Οργανισμός μεταβάλει την αποστολή του υπουργείου Παιδείας σε σχέση με το προγενέστερο καθεστώς, στο θέμα της ανάπτυξης της θρησκευτικής συνείδησης, επισημαίνει η Εκκλησία της Ελλάδος και υποστηρίζει ότι είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος η παράλειψη του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου, κάτι που υπήρχε στον προγενέστερο οργανισμό του έτους 2014 (Π.Δ. 114/2014). Δηλαδή, σύμφωνα με την Εκκλησία της Ελλάδος το υπουργείο Παιδείας αφαιρεί τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου, σύμφωνα με το ΑΜΠΕ
Επίσης, υποστηρίζει ότι παραβιάζουν το Σύνταγμα και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) οι διατάξεις εκείνες του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της Εκκλησίας της Ελλάδος και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει. Δηλαδή, διευκρινίζεται στην αίτηση, οι νέες ρυθμίσεις θεσπίζουν κρατική εποπτεία και αποδίδουν αρμοδιότητες στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.