Ο Γιάννης Ταφύλλης αναλαμβάνει χρέη Γενικού Γραμματέα Πολιτικής Προστασίας, στη θέση του Γιάννη Καπάκη, ο οποίος παραιτήθηκε το πρωί της Δευτέρας.
Ο κ. Ταφύλλης, από τον Δεκέμβριο του 2017 διευθύνει το Κέντρο Μελετών Ασφάλειας, στο πλαίσιο του οποίου, αμέσως μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, ανέλαβε το συντονισμό δράσης για την αναμόρφωση του Συστήματος Διαχείρισης Εκτάκτων Αναγκών της χώρας.
Εχει διατελέσει γενικός γραμματέας του Υπουργείου Εθνικής Αμυνας και γενικός γραμματέας Ψηφιακής Πολιτικής.
Κατά τη θητεία του ως γενικού γραμματέα ΥΠΕΘΑ τού ανατέθηκε ο επιχειρησιακός συντονισμός του προσφυγικού, αμέσως μετά την υπογραφή της Κοινής Δήλωσης ΕΕ-Τουρκίας.
Είναι εκλεγμένο μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ένωσης των Ευρωπαϊκών Οργανισμών Έρευνας και Καινοτομίας.