Κακοδιαχείριση και οικονομικές «ατασθαλίες» στη λειτουργία του ΚΕΕΛΠΝΟ εντόπισε το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους, σε ενδελεχή έλεγχο που πραγματοποίησε. Μάλιστα το Γενικό Λογιστήριο συνέταξε έκθεση την οποία απέστειλε στο Υπουργείο Υγείας και ζητάει την ριζική αλλαγή των νόμων και διατάξεων που ορίζουν την λειτουργία του ΚΕΕΛΠΝΟ.
Μερικά από τα δομικά προβλήματα που εντόπισαν οι ελεγκτές του Γενικού Λογιστηρίου είναι η προβληματική οργάνωση Υπηρεσιών, η μη τήρηση λογιστικών βιβλίων, η ανυπαρξία διαδικασιών για την προμήθεια αγαθών και υπηρεσιών, όπως και προσλήψεις προσωπικού με μη διαφανείς διαδικασίες.
