«Η σχολική αίθουσα δεν είναι άμβωνας. Το σχολείο προετοιμάζει πολίτες και όχι πιστούς». Με τις φράσεις αυτές απαντά ο Νίκος Φίλης για το θέμα των αλλαγών στη διδασκαλία των θρησκευτικών και σημειώνει ότι «όσοι ακραίοι κύκλοι επιχειρήσουν να προκαλέσουν αναστάτωση θα αντιληφθούν ότι δεν είμαστε στην εποχή των ταυτοτήτων».
Ο υπουργός Παιδείας αρνείται την ύπαρξη σύγκρουσης με την Εκκλησία και μιλά για συνεργασία με βάση τους συνταγματικούς διακριτούς ρόλους, ωστόσο τονίζει ότι «η εποχή της ‘‘δεξιάς του Κυρίου’’ έχει παρέλθει…» και θα ήταν λάθος η Εκκλησία να επιστρέψει «στην εποχή Χριστόδουλου».
Σε συνέντευξη του στην Εφημερίδα των Συντακτών ο κ. Φίλης αφήνει να εννοηθεί ότι θα ήθελε να παραμείνει στη θέση του και μετά τον ανασχηματισμό, δηλώνοντας ότι ο σχεδιασμός του για μια «δημοκρατική εκπαιδευτική μεταρρύθμιση» είναι τριετής και τον «εμπνέει» το έργο στο υπουργείο Παιδείας
