Σε εποχές θρησκευτικού φανατισμού και μισαλλοδοξίας επιστρέφει η Εκκλησία της Ελλάδος, την ώρα που σε παγκόσμιο επίπεδο προωθείται ο διάλογος μεταξύ Εκκλησιών και θρησκειών: Με μιά απόφαση-σοκ που επεβλήθη από τους "υπερσυντηρητικούς" ιεράρχες της Ιεράς Συνόδου, δεν αναγνωρίζει ως Εκκλησίες τη Ρωμαιοκαθολική και τις προτεσταντικές, αλλά τις θεωρεί περίπου... αιρέσεις, χαρακτηρίζοντάς τις ως "ομολογίες" ή "κοινότητες".
Η απόφαση αυτή αναμένεται ότι θα προκαλέσει έντονες αντιδράσεις ακόμη και στους κόλπους των Ορθοδόξων Εκκλησιών, καθώς και από πλευράς Οικουμενικού Πατριαρχείου. Πολλές Ορθόδοξες Εκκλησίες, όπως το Οικουμενικό Πατριαρχείο, τα Πατριαρχείο Ρουμανίας και Μόσχας και η Αρχιεπισκοπή Πολωνίας θεωρούν αδιανόητες τέτοιου είδους παρεμβάσεις.
Προβλήματα θα ανακύψουν και στον εν εξελίξει διάλογο της Ορθοδοξίας με τον Καθολικισμό. Σημειώνεται ότι επί δεκαετίες η Εκκλησία της Ελλάδος μετέχει στο διάλογο που διεξάγεται με την Ορθόδοξη και την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία και ουδέποτε έχει εγείρει τέτοια θέματα. ς.
«Είναι αιρετικοί και δεν μπορούμε να τους δώσουμε εκκλησιαστικότητα», υποστήριξαν οι Μητροπολίτες Πειραιώς Σεραφείμ και Κυθήρων Σεραφείμ, κατά τη συζήτηση του θέματος στη συνεδρίαση της Ιεραρχίας.
Με βάση την απόφαση η Ιεραρχία θα προτείνει να αλλάξουν όλες οι αναφορές που γίνονται στα κείμενα για τις σχέσεις «της Ορθοδόξου Εκκλησίας προς τον λοιπόν Χριστιανικόν Κόσμον», και όπου υπάρχει η λέξη «Εκκλησία» για τις άλλες πλήν της Ορθόδοξης, να νατικατασταθεί με τη λέξη «ομολογία» ή «κοινότητα».
Στις αποφάσεις της Ιεραρχίας αντιτάχθηκαν πολλά μέλη της Ιεράς Συνόδου, όπως οι Μητροπολίτες Δημητριάδος Ιγνάτιος, Μεσσηνίας Χρυσόστομος, Νέας Σμύρνης Συμεών και Περιστερίου Χρυσόστομος. Τελικά όμως υπερίσχυσαν οι απόψεις των "συντηρητικών"