Δικαίωμα επανελέγχου φορολογικών υποθέσεων που «έκλεισαν» κατά το πρώτο στάδιο του ελέγχου, θα έχουν οι υπάλληλοι των 6 Ελεγκτικών Κέντρων, που ξεκινούν να λειτουργούν από τις 27 Ιουνίου, σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη.
Παράλληλα θα λαμβάνουν όλα τα ενδεικνυόμενα και προβλεπόμενα από τη νομοθεσία μέτρα για την αποφυγή της παραγραφής των φορολογικών υποθέσεων, στην πενταετία, ενώ θα ελέγχουν τη γνησιότητα των πιστοποιητικών φορολογικής ενημερότητας που εκδίδονται από μία ΔΟΥ και προσκομίζονται σε άλλη ΔΟΥ, αναζητώντας τυχόν ευθύνες και των εφοριακών υπαλλήλων.
Σύμφωνα με τη σχετική απόφαση του διοικητή της ΑΑΔΕ, Γιώργου Πιτσιλή, σε όλες τις Υποδιευθύνσεις των ΕΛ.ΚΕ., ανεξαρτήτως των κριτηρίων που ορίζονται, περιέρχεται η αρμοδιότητα διενέργειας:
- Επανελέγχου ή ελέγχου σε χρήση/φορολογικό έτος/υπόθεση που, ενώ έχει ελεγχθεί/ περαιωθεί προκύψουν νέα/συμπληρωματικά στοιχεία ή πληροφορίες ή στοιχεία βάσει της αμοιβαίας διοικητικής συνδρομής από φορολογικές ή τελωνειακές αρχές άλλων Κρατών – Μελών της Ε.Ε. ή τρίτων χωρών για υποθέσεις που ο αρχικός έλεγχος έχει διενεργηθεί στο ΕΛ.ΚΕ. ή σε Δ.Ο.Υ. της χωρικής/καθ’ ύλην αρμοδιότητάς του ή εφόσον ο αρχικός έλεγχος έχει διενεργηθεί στα πρώην Δ.Ε.Κ. Αθηνών και Θεσσαλονίκης και κατά το χρόνο έκδοσης της εντολής ελέγχου έχει καταργηθεί το Τμήμα Ελέγχου της αρμόδιας για την παραλαβή της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος Δ.Ο.Υ. και η αρμοδιότητα του ελέγχου έχει περιέλθει στο ΕΛ.ΚΕ..
- Επανάληψης διαδικασίας για έκδοση πράξεων προσδιορισμού φόρου, τέλους, εισφοράς ή επιβολής προστίμων και λοιπών καταλογιστικών πράξεων, λόγω ακύρωσης αυτών για νομική ή τυπική πλημμέλεια, με βάση δικαστική απόφαση ή απόφαση της Διεύθυνσης Επίλυσης Διαφορών, για πράξεις που έχουν εκδοθεί, κατόπιν ελέγχου, από το ΕΛ.ΚΕ. ή από Δ.Ο.Υ., της χωρικής/καθ’ ύλην αρμοδιότητάς του ή για πράξεις που είχαν εκδοθεί από τα πρώην Δ.Ε.Κ. Αθηνών και Θεσσαλονίκης και κατά το χρόνο έκδοσης της εντολής ελέγχου έχει καταργηθεί το Τμήμα Ελέγχου της αρμόδιας για την παραλαβή της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος Δ.Ο.Υ. και η αρμοδιότητα του ελέγχου έχει περιέλθει στο Ελεγκτικό Κέντρο (ΕΛ.ΚΕ.).
- Μερικού ελέγχου, όταν απαιτείται για την επιστροφή φόρων, τελών ή εισφορών σε φορολογουμένους υπαγόμενους στη ελεγκτική αρμοδιότητα του ΕΛ.ΚΕ.
Συγχρόνως, στις αρμοδιότητες των υπαλλήλων των Ελεγκτικών Κέντρων είναι: Η διενέργεια:
- Δειγματοληπτικών ή στοχευμένων ελέγχων της ορθής εφαρμογής της φορολογικής και της λοιπής νομοθεσίας, δειγματοληπτικού ελέγχου, επί οφειλών, που έχουν διαγραφεί, λόγω παραγραφής τους, προκειμένου να διαπιστωθεί η λήψη όλων των νόμιμων και τυχόν ενδεδειγμένων πρόσθετων ενεργειών για τη διακοπή της παραγραφής.
- Τακτικού και έκτακτου οικονομικού και διαχειριστικού ελέγχου των δημοσίων υπολόγων και δημοσίων διαχειρίσεων και ο καταλογισμός των ευθυνόμενων στις Δ.Ο.Υ.
- Ένορκης διοικητικής εξέτασης σε περίπτωση απώλειας δικαιολογητικών πληρωμής δημόσιας δαπάνης που πραγματοποιείται από Δ.Ο.Υ., πριν από την έκδοση τίτλου πληρωμής, σύμφωνα με τις εκάστοτε κείμενες διατάξεις.
- Δειγματοληπτικών ελέγχων γνησιότητας των Αποδεικτικών Ενημερότητας και των Βεβαιώσεων Οφειλής που προσκομίζονται σε άλλες υπηρεσίες, καθώς και της απόδοσης των παρακρατούμενων, εξ’ αυτών, ποσών.
- Δειγματοληπτικού ελέγχου τήρησης αρχείων καταγραφής, καθώς και ελέγχου γνησιότητας των αποδεικτικών φορολογικής ενημερότητας μέσω διαδικτύου που χρησιμοποιούνται από τους πιστοποιημένους Φορείς, Υπηρεσίες και πρόσωπα.