Ένα νέο μέτωπο με την Εκκλησία άνοιξε για την κυβέρνηση και τον ΣΥΡΙΖΑ, με την εισβολή των αντιεξουσιαστών στη Μητρόπολη Θεσσαλονίκης. Η Ιερά Σύνοδος εξέφρασε την δυσαρέσκειά της για το γεγονός ότι υπουργοί της κυβέρνησης απέφυγαν επιμελώς να καταδικάσουν τη συγκεκριμένη ενέργεια, ενώ αφήνει σαφείς αιχμές και για την στάση του ΣΥΡΙΖΑ.
Με αφορμή την εισβολή των αντιεξουσιαστών, ήρθε και πάλι στην επιφάνεια η υποβόσκουσα καχυποψία που υπήρχε ανάμεσα στον ΣΥΡΙΖΑ και την Εκκλησία της Ελλάδος και μετατρέπεται σε διατάραξη των σχέσεων ανάμεσα στην κυβέρνηση και την Ιερά Σύνοδο.
Το Μέγαρο Μαξίμου επιδιώκει να υποβαθμίσει το γεγονός, καθώς ο Αλέξης Τσίπρας και οι συνεργάτες του εκτιμούν, ότι η εν λόγω κόντρα με την Εκκλησία, είναι πολύ πιθανόν να επιφέρει πολιτικό κόστος στην κυβέρνηση.