Αιχμές κατά της Εκκλησίας της Ελλάδος, αφήνει το υπουργείο Παιδείας σε ανακοίνωσή του αναφορικά με την προσφυγή στο ΣτΕ κατά του νέου οργανισμού. Σύμφωνα με σχετική ανακοίνωση:
"Το ΥΠΠΕΘ με αφορμή τα δημοσιεύματα στον ηλεκτρονικό τύπο περί προσφυγής της Εκκλησίας της Ελλάδας στο ΣτΕ εναντίον του Προεδρικού Διατάγματος για το νέο Οργανισμό Λειτουργίας του Υπουργείου επισημαίνει ότι η Νομική Υπηρεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος γνωρίζει πολύ καλά ότι κάθε Προεδρικό Διάταγμα πριν υπογραφεί από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας και τεθεί σε ισχύ, υφίσταται έλεγχο νομιμότητας -και, φυσικά, αντισυνταγματικότητας- από το ΣτΕ.
Εκτός αυτού, το Π.Δ. για τον Οργανισμό του ΥΠΠΕΘ αποτέλεσε αντικείμενο εκτενούς και δημόσιας συζήτησης επί μακρό χρονικό διάστημα κατά το οποίο η Εκκλησία της Ελλάδος ουδέποτε εξέφρασε κάποια επιφύλαξη ούτε ζήτησε κάποια ενημέρωση.
Ο τρόπος εσωτερικής οργάνωσης του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων είναι αποκλειστικό ζήτημα της Πολιτείας, πάντοτε μέσα στα όρια που θέτει το Σύνταγμα και οι νόμοι. Πάντως, οι αρμοδιότητες του νέου Οργανισμού του ΥΠΠΕΘ που αφορούν θέματα της Εκκλησίας της Ελλάδος είναι ακριβώς οι ίδιες με τις αρμοδιότητες που προέβλεπε ο προηγούμενος Οργανισμός του ΥΠΠΕΘ που είχε θεσμοθετηθεί επί κυβερνήσεως Α.Σαμαρά (ΠΔ 114/2014). Προκύπτει, λοιπόν, το εύλογο ερώτημα γιατί καταγράφεται τώρα αντίδραση;
Εάν η Εκκλησία της Ελλάδος είχε ζητήσει ενημέρωση εγκαίρως από το ΥΠΠΕΘ, για όποια θέματα επιθυμούσε, είναι βέβαιο ότι μέσω του διαλόγου θα είχαν διευκρινισθεί όλα αυτά τα θέματα χωρίς πράξεις και κινήσεις που μπορεί να διακυβεύσουν τις σχέσεις συνεργασίας μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας. Το ΥΠΠΕΘ σέβεται πάντοτε την αρχή των διακριτών ρόλων και υπενθυμίζει ότι το γενικότερο σύστημα που διέπει τις σχέσεις Πολιτείας και Εκκλησίας ορίζεται από το Σύνταγμα σύμφωνα με το οποίο "θεμέλιο του Πολιτεύματος είναι η λαϊκή κυριαρχία"."